Dès l'apparition de la Réforme en Lorraine, le Duc Antoine de Lorraine déclare la guerre à ceux qui la propagent et fait publier une ordonnance destinée à arrêter le progrès des "doctrines perverses" (massacres, bûchers, abjurations...)

Quelques réformés parviennent à s'enfuir à Bâle, à Zurich, à Genève, comme le sculpteur Ligier Richier de St Mihiel. C'est à cette époque que disparaissent les imprimeurs installés en Lorraine, les autorités locales craignant qu'ils ne favorisent la diffusion des thèses qu'elles condamnent.

En 1599, au moment du mariage de Catherine de Bourbon avec le Duc de Bar, fils de Charles III, Duc de Lorraine, les réformés reprennent espoir. Catherine est, en effet, la soeur d' Henri IV, et elle est restée protestante. Pendant les années où elle réside au château de la Malgrange, elle y regroupe ceux qui se sont ralliés aux idées de la Réforme. Malheureusement, sa mort en 1604 met fin à ces espoirs et dès cette date, les Ducs de Lorraine extirpent de leurs terres toute hérésie.

Il faut attendre 1788, pour que Louis XVI donne un état-civil aux protestants, sans toutefois les autoriser à célébrer le culte.

Le 12 Germinal An XII (2 avril 1804), un décret de Bonaparte accorde aux protestants de Nancy un Oratoire et le 12 Thermidor An XII (31 juillet 1804) est nommé à Nancy un pasteur venant de Genève. Le 12 Floréal An XIII (2 mai 1805), l'Empereur met à la disposition des protestants (environ 500 personnes), l'église St joseph à Nancy, qui faisait à cette époque office d'entrepôt, à charge pour eux d'assurer les réparations.

Sur le plan de l'organisation ecclésiale, Nancy et ses environs sont d'abord rattachés au Consistoire Réformé de Strasbourg puis à celui de Metz. Après la révolution de 1848, le siège du Consistoire est transféré à Nancy.

En 1871, le Traité de Francfort change une nouvelle fois la situation l'Alsace et la Moselle étant annexées à l'Allemagne, nombreux sont les habitants de ces régions qui refusent la tutelle allemande et affluent en Lorraine. La communauté protestante triple alors (environ 3000 membres). Des entreprises entières se fixent dans la région et plusieurs communautés se constituent en paroisses indépendantes. L'arrivée massive d'alsaciens et de lorrains donne un nouveau dynamisme.

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